공장·창고 취득세 주의｜개인·법인 선택에 따라 수천만 원 차이납니다

공장이나 창고를 매수할 때 가장 많이 혼란스러워하는 부분이 바로 공장·창고 취득세입니다. 현장에서 상담을 진행하다 보면 매매가격이나 대출 조건보다도 “공장 매수 취득세는 얼마나 나오나요?”, “창고를 법인으로 사면 취득세가 줄어드나요?”라는 질문을 훨씬 자주 받습니다. 특히 공장·창고는 주택과 달리 취득세 구조가 다르고, 개인 취득세와 법인 취득세 차이가 분명하기 때문에 이를 정확히 이해하지 않으면 예상보다 큰 세금 부담이 발생할 수 있습니다.

개인이 공장·창고를 매수할 때 취득세 구조

먼저 개인이 공장이나 창고를 취득하는 경우를 살펴보겠습니다. 개인이 취득하는 공장·창고는 주택이 아닌 사업용 부동산으로 분류되며, 기본 공장 취득세율은 4%가 적용됩니다. 여기에 지방교육세 0.4%, 농어촌특별세 0.2%가 더해져 실제 부담하는 공장·창고 취득세는 취득가액의 약 4.6% 수준이 됩니다. 실무에서 많은 분들이 ‘주택처럼 중과가 되지 않을까’를 걱정하시지만, 공장과 창고는 다주택 중과 대상이 아니라는 점은 개인 취득의 장점입니다. 다만 개인 명의로 공장을 매수할 경우 향후 매도 시 양도소득세 부담이 커질 수 있다는 점은 반드시 함께 고려해야 합니다.

 

법인이 공장·창고를 취득할 때 취득세 중과 기준

법인이 공장이나 창고를 취득하는 경우는 취득세 구조가 완전히 달라집니다. 법인은 사업용 자산 취득이라는 장점이 있지만, 취득 단계에서는 법인 취득세 중과가 적용되는 경우가 많습니다. 일반 지역에서 법인이 공장·창고를 취득하면 기본 취득세율 4%에 법인 중과세가 더해져 공장 법인 취득세가 8% 수준으로 부과되는 사례도 적지 않습니다. 특히 설립 후 5년 이내 법인이나 부동산 취득을 주목적으로 설립된 법인의 경우, 중과 대상 여부를 계약 전에 반드시 검토해야 합니다.

법인 중과세가 실제로 적용되는 대표적인 경우

현장에서 상담을 하다 보면 법인 중과세가 언제 적용되는지 정확히 모른 채 계약을 진행하려는 경우가 많습니다. 공장·창고 매수 시 법인 중과세가 더해지는 대표적인 사례는 다음과 같습니다.
첫째, 설립 후 5년 이내의 법인이 부동산을 취득하는 경우입니다. 신설 법인은 투기성 거래를 방지하기 위한 취지로 취득세 중과 대상이 되는 경우가 많아, 실제 사업 운영 목적이 있더라도 중과세가 적용될 수 있습니다.
둘째, 부동산 매매·임대가 주된 목적이거나 사실상 부동산 법인으로 판단되는 경우입니다. 정관상 사업 목적이나 실제 수익 구조를 기준으로 판단되며, 공장이나 창고를 매수하더라도 실질이 부동산 보유·임대 목적이라면 중과 대상이 될 수 있습니다.
셋째, 기존에 다수의 부동산을 보유한 법인이 추가로 공장·창고를 취득하는 경우입니다. 이 경우에도 투기 억제 목적에 따라 중과세가 적용되는 사례가 있으며, 단순히 ‘사업용 공장’이라는 이유만으로 중과가 배제되지는 않습니다.
넷째, 형식상 법인이지만 실질적으로 개인의 부동산 취득을 위한 법인으로 판단되는 경우입니다. 명의만 법인일 뿐 실제 운영과 자금 흐름이 개인과 동일하다고 판단되면 중과세 적용 가능성이 높아집니다.

이처럼 법인 취득세 중과 여부는 단순히 법인 명의라는 이유만으로 결정되지 않고, 설립 시기, 사업 목적, 부동산 보유 현황 등 여러 요소를 종합적으로 판단해 결정됩니다

 

공장·창고 취득세, 개인과 법인 중 누가 유리할까?

현장에서 가장 자주 마주치는 오해는 “법인으로 공장 매수하면 무조건 절세가 된다”는 생각입니다. 실제 상담 사례를 보면, 공장·창고 취득세만 기준으로 할 경우 오히려 법인이 개인보다 더 많은 세금을 부담하는 구조가 되는 경우도 많습니다. 법인은 취득세 부담은 크지만 감가상각과 비용처리를 통해 법인세를 줄일 수 있고, 개인은 취득세 부담은 상대적으로 낮지만 장기 보유 후 매도 시 양도소득세가 커질 수 있습니다. 즉, 공장·창고 매수 시 개인과 법인 중 어느 쪽이 유리한지는 단순한 취득세율 비교로 결정할 수 없습니다.

 

https://www.nts.go.kr/

국세청

 

https://www.mois.go.kr/frt/a01/frtMain.do

행정안전부

 

개인이 공장을 취득할 때와 법인이 취득할 때 세금이 크게 달라지는 결정적인 이유는 정부의 '수도권 인구 및 산업 집중 방지 정책' 때문입니다.

단순히 법인이라서 세금을 더 내는 것이 아니라, 어떤 지역에 있는 법인이 언제 부동산을 사느냐에 따라 중과세(세금을 무겁게 매김) 여부가 결정됩니다.

1. 지역에 따른 차이

과밀억제권역 (서울 및 인근 대도시): 인구와 산업이 이미 너무 밀집되어 있어, 이곳에서 법인이 활동하는 것에 대해 높은 세금을 부과합니다.
성장관리권역 (화성 정남면 등): 과밀억제권역에서 이전하는 인구와 산업을 수용하기 위한 지역으로, 법인이 공장을 취득해도 중과세가 거의 적용되지 않습니다.

2. 법인의 '5년 이내' 취득 규정

법인이 공장을 살 때 세금이 8~9%대로 치솟는 경우는 주로 다음과 같습니다.

신설 법인 중과: 과밀억제권역 내에서 설립된 지 5년 미만인 법인이 해당 지역의 부동산(공장 포함)을 취득하면 취득세가 중과됩니다.
본점/지점 설치: 대도시 내에 본점이나 지점을 설치하기 위해 부동산을 취득하거나, 설치 후 5년 이내에 업무용 부동산을 취득하는 경우 표준세율보다 훨씬 높은 세율을 부담하게 됩니다.

공인중개사가 보는 공장·창고 취득세 판단 기준

공인중개사 입장에서 가장 강조하고 싶은 부분은 취득세만 보고 공장·창고 매수 구조를 결정하지 말아야 한다는 점입니다. 공장·창고 매수는 대부분 단기 투자가 아닌 장기 보유와 사업 운영을 전제로 이루어집니다. 따라서 공장 취득세, 보유세, 양도세, 그리고 실제 사업 구조까지 종합적으로 검토해야 개인 취득이 유리한지, 법인 취득이 유리한지 판단할 수 있습니다. 단순히 취득세가 낮다는 이유만으로 명의를 선택했다가, 매도 단계에서 더 큰 세금 부담을 겪는 사례를 현장에서 자주 접합니다.

공장·창고 매수 전 반드시 취득세를 계산해야 하는 이유

마지막으로 공장이나 창고 매수를 계획하고 있다면 계약 체결 전에 반드시 공장·창고 취득세 예상 금액을 구체적으로 계산해 보시길 권합니다. 개인 취득인지, 법인 취득인지에 따라 취득세 차이가 크며, 법인의 경우 중과 여부에 따라 수천만 원 이상의 세금 차이가 발생할 수 있습니다. 공장·창고 취득세는 매수 이후에는 되돌릴 수 없는 비용이기 때문에, 계약 전 단계에서 공인중개사와 세무사와 함께 구조를 점검하는 것이 가장 안전한 선택입니다.